Estudió en el Liceo de Costa Rica, en el que años más tarde sería profesor de dibujo, y luego asistió durante un año a la Academia de Bellas Artes; trabaja como escribiente en las oficinas de Tributación Directa. Publica su Álbum de dibujos, sobre el que Carmen Lyra escribirá en la revista cultural Repertorio Americano de Joaquín García Monge un artículo titulado Con el Álbum de Paco Amighetti, que sale en el mes de diciembre de 1926. Más tarde, García Monge le publicará sus xilografías en dicha revista. En 1923 ingresó a la Academia de Bellas Artes dirigida por el artista español Tomás Povedano, pero su estadía en dicha institución fue breve, pues sintió que el método académico limitaba sus cualidades artísticas. De este modo, decidió continuar su quehacer artístico al margen de la academia. Entre 1928 y 1937, participó en las exposiciones de artes plásticas auspiciadas por el Diario de Costa Rica, en las cuales se puso frente a frente el arte académico de tendencia europeizante, con un nuevo movimiento artístico surgido de un grupo de artistas denominado La Nueva Sensibilidad. Amighetti compartió con este grupo su inquietud por la temática nacional (el campesino, el hombre de la calle, las actividades cotidianas, la mujer, la maternidad), la que utilizó a partir de aquel momento para realizar sus obras. En 1931 se convirtió en profesor de Dibujo y Xilografía en la Escuela Normal de Costa Rica, pero un año después, viajó a Suramérica para trabajar en revistas y periódicos con dibujos y xilografías, y escribir crónicas. Regresó a Costa Rica dos años después, donde se dedicó a ilustrar libros de autores nacionales, así como textos educativos. A principios de la década de 1940 viaja a México a estudiar la técnica de mural en la Escuela la Esmeralda. En 1943 amplió sus estudios de arte en la Universidad de Nuevo México, de pintura al fresco en la ciudad de México y de grabado en la Escuela Superior de Bellas Artes de Argentina, así como en academias de arte en los Estados Unidos. Cuando regresa a Costa Rica realiza su primer mural al fresco, La agricultura, en la Casa Presidencial. Después pintará murales en el Banco Nacional de Alajuela, en el Colegio Lincoln; en la Clínica de la Caja Costarricense de Seguro Social en Tibás; para la Biblioteca del Policlínico de dicha Caja ya había hecho antes cuatro murales.? Un año después, en 1944, fue nombrado profesor de Historia del Arte y Xilografía en la Escuela de Bellas Artes de la Universidad de Costa Rica, y en 1957, fue profesor de la Facultad de Ciencias y Letras de dicha institución, fungiendo como catedrático de Práctica y Apreciación de Artes Plásticas. A partir de 1968, se dedicó enteramente a la creación artística.